Historia
El proyecto surge por iniciativa de los estudiantes de 5to. año (1994) de Ingeniería Agronómica de la UNER. En los años 1994 y 1995, desde las Cátedras de Botánica Sistemática y Espacios Verdes realizaron el planeamiento del proyecto bajo las normas de Botanic Gardens Conservation International (BGCI).
El Jardín fue inscripto en BGCI y seleccionado junto a otros dos jardines del país para potenciar sus cometidos: la investigación, la conservación, la educación en todos sus niveles y la extensión, siendo el único perteneciente a una universidad pública. Para este fin quien fuera su director, el Dr. Juan de Dios Muñoz viajó a Inglaterra en 1995 para presentar el proyecto. Como fruto de estas relaciones de cooperación se realizó en el año 1996 un workshop de evaluación de la Planificación del Jardín en la Facultad de Ciencias Agropecuarias, al que asistieron destacados botánicos nacionales e internacionales, incluyendo al entonces secretario general de BGCI, Dr. Peter Wyse Jackson. Finalizado este encuentro, el 11 de noviembre, se inaugura oficialmente el Jardín Botánico de Plantas Autóctonas.
Por Ley Provincial N° 8967, el Jardín fue declarado Área Natural Protegida y puesto bajo el amparo de la Secretaría de Ambiente y Desarrollo Sustentable de la Nación, siendo también declarado en el 2003 de interés legislativo por la Honorable Cámara de Diputados de Entre Ríos (Exp. 12911/03).
El día 26 de noviembre de 2007 si inauguró el Jardín Botánico Sistemático. Estuvieron presentes en el acto inaugural autoridades nacionales y provinciales e hicieron uso de la palabra: el Rector de la Universidad Nacional de Entre Ríos, Contador Eduardo Asueta; el Decano de la Facultad de Ciencias Agropecuarias, Ing. Agr. Gabriel Villanova; la delegada de BGCI (Botanic Gardens Conservation Internacional) en Argentina, Ing. Agr. Marcela Sánchez; la directora de la Red Argentina de Jardines Botánicos, Dra. Ana Faggi y la codirectora del Jardín Botánico Oro Verde, Lic. María Isabel Laurencena.